Prokaryotic RNA-Seq(Transcriptome)
原核生物 RNA Sequencing (RNAseq) 可以對樣品中編碼區 (coding) 和非編碼區 (non-coding) mRNA 進行高通量定序,可比較不同實驗條件下轉錄體 (Transcriptome)的變化找出差異基因,並且能預測操作子 (operon)、啟動子 (promoter)、轉錄起始點 (TSS)、非轉譯區 (UTR)、反譯RNA (antisense RNA),以及 small RNA 調控目標預測,讓您更全面的了解原核生物 RNA 表現的整體樣貌。
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樣品需求
1. RNA 總量:
1. Illumina 平台定序:≧ 3 μg 2. RNA 濃度:≧ 50 ng/ ul
3. 樣品體積:≧ 60 ul
2. 樣品純度及片段完整性: OD260/OD280:1.8 ~ 2.0
OD260/OD230:≧ 2.0
RIN 值:≧ 6.0
建議先行以電泳膠圖確認片段大小及RNA完整度,並於送件時提供膠圖結果
1. Illumina 平台定序:≧ 3 μg 2. RNA 濃度:≧ 50 ng/ ul
3. 樣品體積:≧ 60 ul
2. 樣品純度及片段完整性: OD260/OD280:1.8 ~ 2.0
OD260/OD230:≧ 2.0
RIN 值:≧ 6.0
建議先行以電泳膠圖確認片段大小及RNA完整度,並於送件時提供膠圖結果
定序規格
NovaSeq 6000 , paired-end 150 bp
採樣建議
樣品建議:
| 培養細菌樣本
菌塊:1x10^6~1x10^7 cells,萃取核酸後以 -80 度保存及運送。
其它注意事項:
- 實驗菌株,建議先進行複數次單菌落分離,確保使用純菌進行實驗。
- 若培養菌株 RNA 表現量不高,適情況增加收取樣本量,確保萃取核酸足夠 RNAseq 使用。
- 建議測定生長曲線,收取位於對數生長期菌株,降低樣品中死細菌的比例,以取得完整性較佳的 RNA。