FAQs-蛋白質體服務常見問題

發佈日期:2018-08-24

Q1. 所有物種皆可以分析嗎?

A: 請提供我們樣本的種名,我們會使用NCBI 或Swiss-Prot 的data base分析。若該物種無database, 我們會搜尋相近的物種,或由客戶提供database。

 

Q2. 是否提供蛋白萃取的服務?

A: 我們可以萃取"不具感染性"的細胞和細菌蛋白。其餘樣品需由客戶自行萃取。

 

Q3. 有沒有建議的萃取方式?

A: 由於不同種類的樣品萃取條件會有差異,建議參考相關文獻進行萃取,並留意使用的buffer是否符合上機規定 (請點我參考/細胞萃取protocol)。

 

Q4. Exosome樣品可以做嗎?需要提供多少量?

A: 若您的樣品為exosome,請告知exosome (e.g serum)來源與樣品製備流程,製備樣品前請與專員聯絡,所需蛋白量約10-30ug。

 

Q5. 細胞培養液的樣品可不可以測?

A: 細胞培養液這類的樣品不論是要送溶液樣品或膠體樣品,請留意培養液請置換成no serum的培養基,培養基內若含有serum會干擾鑑定的結果。

 

Q6. 可以做腸組織的樣品嗎?

A: 腸組織樣品得到的結果是有可能會受到微生物的干擾, 減少腸蛋白質的鑑定數目;至於干擾的程度要看微生物的量以及種類,種類少且量大干擾就會比較嚴重。

 

Q7. Raw data 內的peptide confidence是?

A: 基本上跟 precursor m/z 的準確度 還有 fragment ion 跟 predicted fragment ion 的相似程度,還有false discovery rate 的計算有關 [詳細計算方式請參考mascot軟體的基本設訂]

 

Q8. Raw data中的PEP (Posterior error probabilities of the peptide)的意思是?

A: PEP: the probability that the observed PSM is incorrect. 就是 peptide 跟 spectrum match 是錯誤的可能性。

 

Q9. confidence (CID和HCD)代表的意思是?

A: CID 跟 HCD 都是用來撞碎 peptide 的方法,都是用來鑑定 peptide 用的 (產生圖譜), confidence是指用這兩種方法鑑別peptide的信心程度 (是依據PEP和FDR(q-value)值來判別的)

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