2018.09.29 多體學交流會

發佈日期:2018-09-30

 

[2018.09.29 多體學交流會]

科技的進步讓我們在基因體的研究有更快速的發展,除了單一體學的結果,我們更需要其他體學的數據來佐證所觀察到的現象,因此多體學的發展是目前的研究趨勢,讓圖爾思攜手與大家在多體學的發展一同努力。

微生物數據分析的趨勢

圖爾思-郭育倫博士,主要分三個主題與我們分享,微生物分析的趨勢、腸道微生物近期的文獻分享與多體學的相關文獻。首先,比較了16s與metagenomics在數據上的差異與意義,並詳細說明了metagenomics在分析上使用Mapping和assembly方法的優缺點。再來郭博士與我們分享了數篇與腸道微生物相關的文獻,並且強調人類腸道菌變化受到很多環境因素的影響,因此擁有自己的腸道微生物資料庫是一項重要的工作,也因此我們才發起了台灣腸道公民科學計畫。最後,也與我們分享了多體學文獻內所使用的分析方式,而圖爾思提供的數據分析包含了今日所分享的16S、metagenomics、代謝體與RNA-seq。

利用代謝體學來剖析人類微生物菌相

圖爾思-周士軒博士,與我們分享如何利用代謝體的工具來進行微生物的研究,尤其是在人類微生物的部分。周博士以多篇代謝體的文章作為例子,分享目前相關文獻的研究設計與思路,若是已有關注的代謝物質/biomarker,建議直接做標靶來進行定量驗證,若是還在搜尋biomarker的階段就可以選擇非標靶的LC或GC平台來廣泛性篩選biomarker。依多數的文章思路,在搜尋到非標靶後會在進一步進行標靶驗證,最後在進行實驗動物的驗證。在本次的演講也統整了幾個目前多數做人類微生物研究較常關注的代謝物質,例如,短鏈脂肪酸、支鏈脂肪酸、膽酸與TCA cycle物質。而目前代謝體研究遇到的挑戰為 (1)資料庫的建立; (2) 標準化的流程; (3) 自動化,此三項仍目前代謝體學需突破的課題。

Metagenomics-Metabolomics在微生物研究的應用

長庚大學-賴信志老師,主要研究課題為肥胖與減肥,首先老師以proteobacteria為例告訴我們微生物與宿主間微妙的關係。Proteobacteria是常見的病原菌,但它在我們嬰幼兒時期卻扮演重要的免疫力訓練與調控的角色,我們無法完全沒有它,但過多會造成疾病的產生,這微妙的平衡及為homeostasis。賴老師後續以自身的研究主題與幾篇代表性的文章來告訴我們多體學的研究思維,以微生物與肥胖為研究中心,先是在臨床或是動物實驗上觀察到有趣的現象後,進一步用16S來鑑定/分類微生物。為了瞭解微生物的功能,需以metagenomics進行微生物的相關功能預測,接續是確認關鍵的活性物質,就能利用代謝體的平台來確認,甚至是須結合多個體學的數據做關聯分析來找尋,最終以模式動物或甚至是臨床做驗證。

會議前貴賓簽到

會後交流討論

會後交流討論

多體學當天主持人-劉君豪先生

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