交互作用蛋白體分析

交互作用蛋白體分析

由於蛋白質的功 能發揮是經由數個蛋白質之間的交互作用所達成。所以建立蛋白質之間的交互作用與其聯絡網則可以更進一步解釋蛋白複合體的成員或是了解蛋白聯絡網上下游的關係,一般最常用於鑑定蛋白質交互作用的方法為yeast two-hybrid (Y2H)和利用質譜鑑定親和純化後的產物(AP/MS)。兩者利用不同的分析策略來解決蛋白交互作用的問題, Y2H利用兩個蛋白能否交互作用促使酵母菌的reporter gene表達來鑑定兩蛋白的交互關係,而AP/MS則是鑑定複合體(complex)的成員組成。因此Mass的分析策略為整個interactome(交互作用體),探討各蛋白之間的生物特性與關係,而非只是兩個蛋白間的交互作用。

服務內容

我們會先將免疫沉澱的樣本elution後分成in-solution或進行一維電泳後切成5個區域,進一步去做蛋白質身份鑑定,依據蛋白特有的片段和資料庫比對即可知道樣本中的蛋白組成。有別於傳統Co-IP的分析策略,用質譜分析的分法可以提供快速且大規模地分析蛋白質的交互作用蛋白。

服務流程

 

 

​實驗交期:約2-3

樣本需求

交互作用-蛋白質: 基本/標準分析

  1. 樣品類型: 免疫沉澱之產物 (IP beads or eluent,請提供溶液成分)

  2. 樣品總量: 不限(IP 起始量建議≥500 ug)

  3. 樣品濃度: 不限

  4. 分析平台: Hoefer SE260, 1DLC, LTQ-Orbitrap MS

出貨規格

1. 結案報告一份

2. Raw data 一份

常見問題

Q1. 是否提供做IP的服務?

A: 我們不提供IP服務,但若IP後的樣品後續要做蛋白鑑定的服務,建議將IP樣品交由我們進行elution。

 

Q2. 蛋白樣品有做linker會影響鑑定嗎?

A: 基本上linker不會影響鑑定結果。

 

Q3. 若IP的方法是將protein label biotin後 再用 streptoavidin將蛋白做pull down,biotin和streptoavidin會干擾上機嗎?

A: Biotin和streptoavidin會干擾上機結果,建議提供IP後的樣品由我方進行biotin和streptoavidin移除的服務,詳情請洽專員。

 

Q4. 免疫沉澱之產物自行進行elution後在送樣可以嗎?

A: 自行elute出的樣品中,抗體的存在會干擾分析的結果,因此實驗室提供elution的服務,以降低抗體的干擾。

 

Q5. 基本和標準規格有什麼差別?

A: 基本分析主要以in-sol的方式進行,若目標蛋白含量較少會有鑑定不到的機率或是被抗體訊號干擾。若採用標準分析,會以in-gel的方式,依蛋白豐富度分布的程度分成5個region,在處理過程供會盡可能避開heavy chain和light chain存在的位置,來減少抗體的干擾,並提供STRING分析。

 

其他常見問題請至FAQs

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