氫氘交換分析(HDX)

氫氘交換分析(HDX)

氫氘交換質譜(HDX MS,hydrogen deuterium exchange mass spectrometry)是一種研究蛋白質結構和動態變化的方法,可以觀察出蛋白質相互作用位點、蛋白的epitope位點與活性位點鑒定等。其原理是將蛋白浸入重水溶液(deuterium)中,蛋白的氫原子在中性環境下即會與重水的氘原子發生交換,又因為蛋白質表面與重水密切接觸其表面的氫比位於蛋白質內部的氫形成的氫氘交換的速率快,進而通過質譜檢測確定蛋白質不同序列片段的氫氘交換速率,從而得出蛋白質空間結構信息。更淺顯易懂的說,就是把兩顆球黏在一起後丟入一個染色的缸子裡,再將他們從染色的缸子裡拿起來,並把他們拆散開來就可以發現沒染色到的地方就是原本的黏接處。同理也是一樣可以用此方法看”藥物和蛋白”、”抗體和蛋白”或是”蛋白和蛋白”的結合位置。

服務內容

將樣本置於重水環境中促使氫氘交換,在7個時間點(10s,30s,60s,300s,600s,1200s,4800s)後將樣本進一步吸取反應後進入胃蛋白酶柱直接裂解蛋白,最後再由質譜掃描分析並與資料庫的胜肽資訊進行比對找出 置換率最低的區域,即可能為蛋白和抗體或是藥物的結合位點。

服務流程

 

 

實驗交期:5周

樣本需求
  1. 樣品類型: 已知序列之純化蛋白質或分子及已知的結合條件

  2. 樣品總量: ≥200 pmol (~10 ug for 50 kDa 蛋白質)

  3. 樣品濃度: ≥4.5 pmol/uL (~0.23 ug/uL for 50 kDa 蛋白質)

  4. 樣品純度: ≥90%

  5. 分析平台: online-Pepsin-LC, Orbitrap HDX-MS

出貨規格

1. 結案報告一份

2. Raw data 一份

常見問題

Q1. HDX除了可以分析蛋白和抗體的結合位點外,還有什麼樣的應用?

A:HDX也可以探討蛋白和藥物結合的位點,或是蛋白的構型改變位置。

 

Q2. HDX可以看蛋白和核酸的binding region嗎?

A: 只要能提供DNA 跟 protein binding 的條件跟流程,除非 DNA:Protein 的比例高到會影響質譜的訊號 (< 1:100,molar ratio,比例越接近越好),基本上皆可以做測試。蛋白質的純度需 >90%。

 

Q3. 有提供測試蛋白與蛋白binding的服務嗎?

A: HDX的項目需請客戶提供蛋白與蛋白是否可以結合的數據,我方不提供結合能力測試的服務。

 

其他常見問題請至FAQs

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