蛋白質身份鑑定(Protein ID)

蛋白質身份鑑定(Protein ID)

圖爾思SuperLab提供的蛋白質身份鑑定(Protein ID)技術服務讓您用最快速最準確的方式偵測樣本中的蛋白質組成份,利用質譜為分析策略,大規模地鑑定出樣本的組成,比起利用抗體等間接鑑定的方法更可以避免受到抗體專一性的影響。

我們提供膠體樣本(in-gel)與液狀樣本(in-solution)兩種不同型式的樣本收件,減少客戶在樣本前處理時的困擾。
膠體樣本適合想要分析一維膠band的蛋白質組成,與二維膠體spot的蛋白質組成。而液狀樣本的送樣適合想要分析全細胞、血漿、組織等複雜樣本的蛋白質組成份。蛋白質身份鑑定(Protein ID)絕對是最划算且最全面的方式。

服務內容

樣本中的蛋白經由Trypsin水解成小片對的胜肽段後,圖爾思使用高分辨率的LC / MS / MS儀器(1DLC, LTQ-Orbitrap MS),將疏水性差異的片段分離後再通過質譜儀分析每一段胜肽,依據其電荷質量比的不同數值,肽段被分開而獲得一級質譜圖。在高峰值的肽段將會進行進一步的碎裂為更小的肽段;如果選擇碰撞誘導解離同位素的肽段將會被分離為y-b-離子,而這些離子被二級質譜儀分離,通過計算相鄰的y-b-離子的質量差異,即可獲得不同質量的氨基酸和肽序列(如下圖)

 

 

 

服務規格:

in-gel 基本分析 標準分析 進階分析
規格 1D, 60-90min 1D, 5 regions 1D, 15regions
蛋白數 100-500 100-1800 500-3000

 

in-solution 基本分析 標準分析 進階分析
規格 1D, 60-90min 1D, 250-300min 2D, 20-24 fractions
蛋白數 100-500 100-1800 500-3000

 

服務流程

 

 

實驗交期:約1

樣本需求

In-gel: 基本分析

  1. 樣品類型: 染色過後之膠體樣品 (請提供完整的染色膠圖)

  2. 樣品大小: 膠體需小於 3 mm x 8 mm x 1.5 mm (高度 x 寬度 x 厚度)

  3. 分析平台: 1DLC, LTQ-Orbitrap MS

 

In-gel: 標準/進階分析

  1. 樣品類型: 細胞團塊 (cell pellet)、萃取蛋白質溶液

  2. 樣品體積: 20 uL - 50 uL

  3. 樣品濃度: ≥0.2 ug/uL (Silver stain), ≥1 ug/uL (Coomassie blue stain)

  4. 分析平台: Hoefer SE260, 1DLC, LTQ-Orbitrap MS

 

In-solution: 基本/標準/進階分析

  1. 樣品類型: 細胞團塊 (cell pellet)、萃取蛋白質溶液(請提供溶液成分)

  2. 樣品體積:  20 uL - 50 uL

  3. 樣品濃度: ≥0.1 ug/uL (基本/標準分析), ≥0.5 ug/uL (進階分析)

  4. 分析平台: 1DLC, 2DLC, LTQ-Orbitrap MS​

出貨規格

1. 結案報告一份

2. Raw data 一份

常見問題

Q1. 樣品用TRIZOL處理的有機層內的蛋白能做protein ID 嗎?

A: 建議樣品走in-gel digestion的方式成功機率較高,詳情請洽專員。

 

Q2. 可以鑑定生肽嗎?水解後的樣品可以做嗎?

A: 大多生肽樣品皆已經過未知酵素處理,未知酵素的裁切會影響判讀的結果,且本服務提供的是這些生肽對應到的是哪些蛋白,無法藉由結果判斷原本生肽的序列以及比較其含量。

 

Q3. 如果有興趣的蛋白在樣本中含量少是否有鑑定不到的風險?

A: 建議先進行跑膠確認,一般若是在coomassie blue可清楚看到目標條帶,鑑定到目標蛋白的機率較高。若無法看見清楚條帶在in-sol 基本分析鑑定不到的風險較高,但不代表沒有蛋白存在,可在選擇標準或進階規格來提高鑑定到的機率。

 

Q4. 如果鑑定完沒有蛋白質訊號,會如何收費?

A: 如果客戶有跑過SDS-PAGE確認有目標蛋白質存在的話,我們會不收費或是改採用跑膠完後挖膠分析的方式來確認樣本中含有該目標蛋白 。

 

Q5. 血液樣品可以做嗎?

A: 若是要進行一般蛋白質鑑定,建議搭配 豐富度蛋白去除服務 血液中含有高含量的豐富度蛋白(e.g albumin),若不進行去除會干擾鑑定結果。若是要進行蛋白質定量,建議用label-free的方式進行蛋白定量,詳情請洽專員。

 

Q6. Cytokine類的蛋白可以用LC-MS/MS的平台鑑定到嗎?

A: 若是檢測cell supernatant樣品的cytokine,不建議用此平台進行,由於cytokine蛋白在supernatant的含量非常低,即使採用我們標準或進階規格的服務也是有鑑定不到的機率,建議採用其他平台,詳情請洽專員。

 

Q7. 膠體樣品有什麼限制嗎?

A: 膠體樣品請勿超過3x8x1.5mm,若膠體樣品超過此大小會酌收膠體處理費用。

 

其他常見問題請至FAQs

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