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原創文章 引用請註明出處 在介紹標題中提到的兩種概念類似的分析圖之前，小編先簡單介紹一種熱門的微生物體分析工具：PICRUSt。它的全名是”Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States”，中文的意思就是”隱性狀態重建群落進化分析”。更白話一...
原創文章 引用請註明出處 相關性分析（correlation analysis）是研究隨機變量相關性的一種統計方法，用於研究現象之間是否存在某種依存關係，並對具有依存關係的現象探討其相關方向以及相關程度。這次小編就來為大家詳細介紹論文中常見的『優勢物種相關係數分析』及『物種關聯網絡分析』～～ 優勢物種S...
原創文章 引用請註明出處 微生物分析時對於物種分佈情況的檢視，通常都會根據物種注釋結果，選取每個樣品或分組在各階層（Phylum、Class、Order、family、Genus）中相對豐度排名前幾名的物種（例如Top 10），由這些各分組中平均相對較高豐度的物種繪製柱狀圖，以便直觀查看各樣品在不同分類階層中相對豐度較高的物...
原創文章 引用請註明出處 人類腸道菌中，比例最高的兩種菌門為厚壁菌門(Firmicutes)和擬桿菌門(Bacteroidetes)，兩者比例可達全體腸道菌80%以上。許多學者普遍認為厚壁菌門是一群善於消化並促進吸收脂肪的細菌，牠們的大量存在使得宿主容易肥胖。小編聽說過壓力大時BMI容易爆增的理論，這也是跟腸道菌有關係喔！當...
原創文章 引用請註明出處 在微生物分析中，如何以視覺化呈現注釋資訊是一個重要的工作。通常在獲得OTU表及物種注釋資訊後，便需要將表格化資訊藉由視覺處理以利科研人員閱讀。目前最常見的方式如採用『物種階層累積柱狀圖』、『互動式Krona展示』、『進化樹展示』等，今天小編就先從物種階層累積柱狀圖介紹起，...
原創文章 引用請註明出處 從事生物研究的人都知道，經過一段戰戰兢兢的實驗設計和操作過程之後，最重要的下一步就是把實驗結果視覺化。無論是實驗室咪聽還是研討會報告，甚至是投稿期刊，把研究成果清楚地呈現給大眾是很重要的。小編今天要介紹的是相對少見但很有意思的分析圖，叫做「三元相圖」。顧名思義，三元...
原創文章 引用請註明出處 今天小編來分享一下微生物分析中常用的Beta Diversity，其中有幾款視覺化樣本分組比較分析最為常見，我們就來一一介紹吧！ PCA分析 主成分分析（PCA, Principal Component Analysis），是一種應用方差分解，對多維數據進行降維，同時保持數據集中雙方差貢獻最大的特徵，從而有效地找出...
研究微生物多樣性時，常會使用一種稱為“進化分支圖”的方式來呈現，這是在16S研究中常見的分析表現形式。 LEfSe (Linear discriminant analysis (LDA) Effect Size) 是一種用於發現高維生物標記和篩選基因組特徵的分析演算法，能夠在組與組之間尋找統計上具顯著差異的生物標識（Biomarker），即組間在豐度...
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