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今(5)日,國內專注於微生物體學(microbiome)與次世代定序(NGS)技術的圖爾思生物科技公司(BIOTOOLS),及圖爾思微生物體研究中心(BMRC)接受本刊專訪。BMRC執行長劉君豪表示,在耕耘多年的學研市場後,圖爾思將鎖定「營養」、「口腔」、「感染症」三大領域積極布局,正式將其次世代定序技術服務推向臨床應用。 劉君豪指出,圖...
圖爾思NGS部門自發展初期即致力於微生物體的全球研究趨勢與應用,至今累積發表文獻已多達10篇。圖左為亞州準譯李定寰處長,圖右為圖爾思微生物體研究中心執行長劉君豪。 基於定序技術所帶領的微生物體學(Microbiome) 研究在近年來有不少的文章被發表,包含癌症免疫治療、人體微生物組成,以及營養與益生菌、健康與疾病的...
原創文章 引用請註明出處 基因表現研究從過去的 Microarray (Gene Expression Profile) 到 NGS (RNA-seq) 分析皆需要探究所謂的功能富集 (Functional Enrichment),而不管是做 GO 或 Pathway (KEGG / IPA / DAVID) 分析,皆需要透過基因表現的差異 (Over Representation Analysis, ORA)篩選出一組基因列表,...
原創文章 引用請註明出處 生物資訊分析最重要的是如何提高結果的可讀性,其中基因名稱或 ID 轉換是最常見的問題。往往在不同資料庫或不同平台會有特定的 Gene ID,例如 Ensembl 人類基因會是 ENSG/ENST 為前綴開頭,而 NCBI/EntrezID 則為一串數字,但這些文數字可讀性相當低,因此需要將其轉換為 Gene Symbo...
小編將為各位帶來10x Genomics的系列報導,首先是全新升級的Chromium平台,目前究竟有哪些成功的應用呢? 2015年2月,10x Genomics公司推出GemCode平台,以超長片段卻能保有極高正確率而引起廣泛關注,而2016年2月全新升級的Chromium平台在多種應用中的表現更為優異。就DNA而言,該平台可與Illumina 次世代定序系統無縫接...
eGWAS (Expression/ Expression-based genome-wide association study)顧名思義是基於表現量的全基因體關聯分析,常用於基因表現量與遺傳突變、基因表現量與性狀以及遺傳突變與性狀的關聯分析。 SNP突變在生物體內普遍發生,很多複雜疾病、癌症、農藝性狀等都與SNP突變密切相關,但是大部分SNP並不會引起轉錄本 (transcript...
10x Genomics 定序技術平台發表至今,以迅雷不及掩耳之勢強勢進軍定序領域,基於獨特的GemCode平台及linked-read定序使其可獲得極長片段遺傳資訊,從而進行染色體結構變異及單倍型 (Haplotype)檢測。 自2016年發表的對生殖系統和癌症基因體進行單倍型分析和結構變異檢測[1],探索罕見基因剔除對人類健康和族群的影響[2],...
原創文章 引用請註明出處 研究細胞生理途徑(cellular pathways)的人有福了!無論是研究癌症相關途徑、細胞層次免疫反應,或是特定代謝途徑,隨著次世代定序技術的進步,以往耗時耗財的細胞途徑研究將有突破性的發展。在2016年陸續有頂級期刊發表Perturb-seq的運用,以單一基因和單一細胞的解析度,將複雜的細胞調...
想必身為研究人員的你,目前正規劃新一年的研究計畫吧!想在2017開始你的動植物高品質基因體de novo研究嗎?小編來幫忙,以最新發表的2篇Nature基因體文章以及動植物基因體(PAG)大會來介紹目前趨勢,為您全面規劃最新最熱的高品質de novo研究策略! 2篇Nature基因體文章 在2017年短短2個月時間裡,三代基因體的文章已...
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