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2017．05
微生物分析系列報導:輕鬆看懂三元相圖(Ternary plot)
原創文章 引用請註明出處
圖[2] 三元相圖範例2: 不同古菌門(其中一種未分類:unclassified)在三種地理位置的豐度分佈
圖[3] 三元相圖範例3: 三種不同水體環境的多種菌門豐度分佈
簡單來說，資料點和某個分組頂點的距離越近，就表示該筆資料在某個分組的相對比例越高。如果要判斷該筆資料在三個組別的分佈比例，可以對照邊上的格線來推算。舉例來說，圖[1]中最大的綠色點表示厚壁菌門(Firmicutes)，從點的大小可以看出厚壁菌門是所有菌門種類相對豐度最高的，在三個分組，HL, CA, TN當中，HL組的厚壁菌門佔了整體厚壁菌門約43%，TN組佔了約41%，而CA組佔了約16%，這三個比例加起來一定是百分之百。從以上的解讀方式，我們也可以說三元相圖可以看出不同分組對某個資料點的貢獻程度，距離越近，貢獻越多。
圖爾思生物科技/ NGS事業部
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從事生物研究的人都知道，經過一段戰戰兢兢的實驗設計和操作過程之後，最重要的下一步就是把實驗結果視覺化。無論是實驗室咪聽還是研討會報告，甚至是投稿期刊，把研究成果清楚地呈現給大眾是很重要的。小編今天要介紹的是相對少見但很有意思的分析圖，叫做「三元相圖」。顧名思義，三元相圖長得就像下方那些三角形(圖[1]-圖[3])，
通常這種分析圖有三個基本元素：
(1) 三個分組類別，分別標示在頂點或邊線
(2) 三角形內散佈的資料點
(3) 邊線標示百分比或比例
在微生物體的應用上，三元相圖可以呈現各種階層的菌的種類的相對豐度，例如圖[1]是豐度最高的前十種菌門(Phylum)的三元相圖，每一個點代表一種菌門，從這張圖可以看出在不同分組間的菌門的分佈情形。很多三元相圖(圖[1]-圖[3])的資料點會依相對豐度顯示不同的大小，豐度越高資料點越大，反之越小；資料點的顏色可以根據單一菌種(圖[1]和圖[3])或菌種類別(圖[2])來上色；有些三角形內有格線(圖[1]-圖[3])或被省略。儘管圖的形式有許多種，基本意義都是一樣的，就是讓讀者初步判斷特定資料在不同組別間的分佈比例。
通常這種分析圖有三個基本元素：
(1) 三個分組類別，分別標示在頂點或邊線
(2) 三角形內散佈的資料點
(3) 邊線標示百分比或比例
在微生物體的應用上，三元相圖可以呈現各種階層的菌的種類的相對豐度，例如圖[1]是豐度最高的前十種菌門(Phylum)的三元相圖，每一個點代表一種菌門，從這張圖可以看出在不同分組間的菌門的分佈情形。很多三元相圖(圖[1]-圖[3])的資料點會依相對豐度顯示不同的大小，豐度越高資料點越大，反之越小；資料點的顏色可以根據單一菌種(圖[1]和圖[3])或菌種類別(圖[2])來上色；有些三角形內有格線(圖[1]-圖[3])或被省略。儘管圖的形式有許多種，基本意義都是一樣的，就是讓讀者初步判斷特定資料在不同組別間的分佈比例。
圖[1] 三元相圖範例1: 不同菌門(Phylum)在三個分組間的相對豐度分佈比例
圖[2] 三元相圖範例2: 不同古菌門(其中一種未分類:unclassified)在三種地理位置的豐度分佈
圖[3] 三元相圖範例3: 三種不同水體環境的多種菌門豐度分佈
簡單來說，資料點和某個分組頂點的距離越近，就表示該筆資料在某個分組的相對比例越高。如果要判斷該筆資料在三個組別的分佈比例，可以對照邊上的格線來推算。舉例來說，圖[1]中最大的綠色點表示厚壁菌門(Firmicutes)，從點的大小可以看出厚壁菌門是所有菌門種類相對豐度最高的，在三個分組，HL, CA, TN當中，HL組的厚壁菌門佔了整體厚壁菌門約43%，TN組佔了約41%，而CA組佔了約16%，這三個比例加起來一定是百分之百。從以上的解讀方式，我們也可以說三元相圖可以看出不同分組對某個資料點的貢獻程度，距離越近，貢獻越多。
總結
三元相圖看似複雜，原理卻很簡單，以後讀者見到這種分析圖，就可以輕鬆地描述它要表達的意義囉！要注意的是，三元相圖一次只能呈現三組的結果，如果多於三組，就只能挑選有比較意義的三個組別來比對，或是以排列組合選出不同的三組配對才能畫三元相圖。
三元相圖看似複雜，原理卻很簡單，以後讀者見到這種分析圖，就可以輕鬆地描述它要表達的意義囉！要注意的是，三元相圖一次只能呈現三組的結果，如果多於三組，就只能挑選有比較意義的三個組別來比對，或是以排列組合選出不同的三組配對才能畫三元相圖。
圖爾思生物科技/ NGS事業部
許方瑜 文案
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