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2021．10
【RNAseq 3小學堂】基因功能資料庫_KEGG、GO、DO
原創文章 引用請註明出處
#RNAseq #KEGG #DO #GO #雲平台 #3小學堂
|| 3分鐘速解RNAseq分析，本周介紹基因功能資料庫 ||
對了，你有聽過”富集分析”嗎？ 小編將在下篇文章解說! 帶你了解這群DEG到底都是些什麼角色(pathway或功能) ！
你滿心歡喜的把上述的結果報告給老闆，結果老闆卻問說：「這些(差異)基因之間有什麼關聯? 參與哪些重要途徑? 如何影響你的研究Model?」
只能又坐回電腦前面，將一個一個基因的資訊放到google搜尋，但你有500個以上的基因要查，老闆說3天後就要得到答案，我的天! 該怎麼辦?!
|| 圖爾思雲平台匯整來自KEGG、GO、DO等資料庫的資訊 ||
正所謂工欲善其事，必先利其器!! 小編這次要跟大家介紹KEGG、GO、DO這3個資料庫究竟能提供我們哪些資訊呢?! LET'S GO
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)
KEGG 資料庫整合了基因體、生化、生物系統等資訊，使用KEGG你可以得到
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一目了然的Pathway圖：KEGG將pathway分為7大類(點擊看分類)，你可以直接在搜尋頁輸入基因名稱(symbol)，可以找到該基因參與的pathway列表。 若手頭上有好幾種基因想一次查詢，並想標註顏色，你可以利用KEGG Mapper，標記你要的基因和呈現的顏色在pathway圖上。
但我還要自己標記好費工...
|| 圖爾思雲平台自動把你的結果與KEGG連動！ ||
雲平台能自動匯入先前DEG的篩選結果，產出基因列表中有參與的pathway，並且用顏色標記基因上下調的關係。
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基因資訊：直接點擊KEGG pathway圖的節點(矩型框)，則可看到更多關於該基因的資訊，包括：基因產物、參與哪些代謝途徑、結構、序列...等。
雲平台上也會提供你比對到的pathway列表，還可以下載保存喔！另外你可以選擇pathway或module。
GO (Gene Ontology)
手中這麼多的基因名，要一一了解這些基因的功能，看來又要花上好幾天的時間查詢與統整，該怎麼辦？
|| 想要一次把基因功能分類彙整，你可以使用GO資料庫 ||
GO (Gene Ontology) 將基因屬性分為三大類： Biological Process、Cellular Component、Molecular Function，各類也有自己的下層分屬，並且以”有向非循環圖 (Directed Acyclic Graph)” 呈現功能分類間的上下游主從關係，在雲平台上，該圖的顏色越紅表該類別p.adjust越小、越多基因分屬於該類別。
DO (Disease Ontology)
提供生物醫學中人類疾病的標準分類，可在此資料庫中了解基因與疾病間的關係，你可以同樣在雲平台上點擊資料庫連結，看到更多疾病資訊，如下圖。
雲平台也提供Network of Cancer Gene (NCG) 和 DisGeNET人類疾病相關的資料庫內容，在DO分析流程下，即可選擇想要的資料庫並進行分析。
* 僅限人類與小鼠可進行DO分析
圖爾思生物科技/微生物體研究中心
沈筱凌/顏維萱
沈筱凌/顏維萱
