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什麼是代謝體學? 代謝體學 (Metabolomics) 是指在特定的時間點下，對生物體內 (細胞，組織，生物體液) 的小分子代謝物進行定性和定量[1]。而代謝物 (metabolic) 泛指分子量小於1500 M.W.的物質，例如: 葡萄糖，脂質，胺基酸...等。 代謝物為生物系統中的最終產物，相較於基因或蛋白，更能直接表現生物體在特定時間下的狀...
原創文章 引用請註明出處 隨著大眾對於腸道菌的認識日益漸增，不少研究學者以及專家提倡以改變腸道菌相來達到治療疾病或是調整體質的做法。俗話說得好：「民以食為天」，人類自古以來便十分重視「吃」這件事，不只要吃得飽，更要吃得好。呼應今天的主題，小編想從腸道菌的角度出發，跟大家談談如何吃得巧，養出和...
原創文章 引用請註明出處 微生物分析時對於物種分佈情況的檢視，通常都會根據物種注釋結果，選取每個樣品或分組在各階層（Phylum、Class、Order、family、Genus）中相對豐度排名前幾名的物種（例如Top 10），由這些各分組中平均相對較高豐度的物種繪製柱狀圖，以便直觀查看各樣品在不同分類階層中相對豐度較高的物...
原創文章 引用請註明出處 人類腸道菌中，比例最高的兩種菌門為厚壁菌門(Firmicutes)和擬桿菌門(Bacteroidetes)，兩者比例可達全體腸道菌80%以上。許多學者普遍認為厚壁菌門是一群善於消化並促進吸收脂肪的細菌，牠們的大量存在使得宿主容易肥胖。小編聽說過壓力大時BMI容易爆增的理論，這也是跟腸道菌有關係喔！當...
原創文章 引用請註明出處 在微生物分析中，如何以視覺化呈現注釋資訊是一個重要的工作。通常在獲得OTU表及物種注釋資訊後，便需要將表格化資訊藉由視覺處理以利科研人員閱讀。目前最常見的方式如採用『物種階層累積柱狀圖』、『互動式Krona展示』、『進化樹展示』等，今天小編就先從物種階層累積柱狀圖介紹起，...
原創文章 引用請註明出處 從事生物研究的人都知道，經過一段戰戰兢兢的實驗設計和操作過程之後，最重要的下一步就是把實驗結果視覺化。無論是實驗室咪聽還是研討會報告，甚至是投稿期刊，把研究成果清楚地呈現給大眾是很重要的。小編今天要介紹的是相對少見但很有意思的分析圖，叫做「三元相圖」。顧名思義，三元...
小編將為各位帶來10x Genomics的系列報導，首先是全新升級的Chromium平台，目前究竟有哪些成功的應用呢？ 2015年2月，10x Genomics公司推出GemCode平台，以超長片段卻能保有極高正確率而引起廣泛關注，而2016年2月全新升級的Chromium平台在多種應用中的表現更為優異。就DNA而言，該平台可與Illumina 次世代定序系統無縫接...
原創文章 引用請註明出處 今天小編來分享一下微生物分析中常用的Beta Diversity，其中有幾款視覺化樣本分組比較分析最為常見，我們就來一一介紹吧！ PCA分析 主成分分析（PCA, Principal Component Analysis），是一種應用方差分解，對多維數據進行降維，同時保持數據集中雙方差貢獻最大的特徵，從而有效地找出...
eGWAS (Expression/ Expression-based genome-wide association study)顧名思義是基於表現量的全基因體關聯分析，常用於基因表現量與遺傳突變、基因表現量與性狀以及遺傳突變與性狀的關聯分析。 SNP突變在生物體內普遍發生，很多複雜疾病、癌症、農藝性狀等都與SNP突變密切相關，但是大部分SNP並不會引起轉錄本 (transcript...
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