Eukaryotic Small RNA-Seq
高解析 Small RNA 定序服務。針對 miRNA、siRNA 等非編碼 RNA 進行精準定量與鑑定,助您快速鎖定疾病生物標記,加速精準醫療研發進程。
外泌體研究的新視界:捕捉微量調控因子
近年來,外泌體 (Exosomes) 被視為液態切片 (Liquid Biopsy) 的明日之星。這些由細胞分泌的奈米囊泡,攜帶了豐富的 Small RNA(小分子 RNA),是細胞間溝通的關鍵信使。由於 Small RNA 多為非轉譯 RNA,雖不直接編碼蛋白質,卻在轉錄後修飾與基因表現調控中扮演核心角色。透過我們先進的定序技術,能從微量檢體中,精準捕捉這些稍縱即逝的調控訊號。
嚴謹質控與精準比對,確保數據含金量
為了從龐大的定序數據中提煉出真實生物意義,我們的分析流程首重數據品質。當實驗完成並取得原始序列 (Raw Reads) 後,系統將執行嚴格的品質控制 (QC) 與過濾,剔除低品質數據以獲得高品質的 Clean Reads。接著,依據 miRNA 特有的長度特徵進行篩選,並將序列比對至參考基因體及 miRBase 等權威資料庫。此步驟不僅能精確鑑定樣本中已知的 miRNA、tRNA、rRNA 等類別,更能利用演算法挖掘潛在的未知 miRNA,擴展研究的探索邊界。
深度生物資訊分析,從數據看見調控機轉
獲得定序數據僅是第一步,深度的生物資訊分析才是研究的靈魂。針對在實驗組與對照組間表現量有顯著變化的差異 miRNA,我們的專業團隊將進一步預測其下游目標基因 (Target Genes)。結合 Gene Ontology (GO) 功能分類與 KEGG 代謝路徑富集分析,我們能協助研究人員繪製出完整的調控網絡圖,深入探討特定分子在相關途徑中的具體角色,將枯燥的數據轉化為具備發表價值的科學洞見。
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外泌體研究的新視界:捕捉微量調控因子
近年來,外泌體 (Exosomes) 被視為液態切片 (Liquid Biopsy) 的明日之星。這些由細胞分泌的奈米囊泡,攜帶了豐富的 Small RNA(小分子 RNA),是細胞間溝通的關鍵信使。由於 Small RNA 多為非轉譯 RNA,雖不直接編碼蛋白質,卻在轉錄後修飾與基因表現調控中扮演核心角色。透過我們先進的定序技術,能從微量檢體中,精準捕捉這些稍縱即逝的調控訊號。
嚴謹質控與精準比對,確保數據含金量
為了從龐大的定序數據中提煉出真實生物意義,我們的分析流程首重數據品質。當實驗完成並取得原始序列 (Raw Reads) 後,系統將執行嚴格的品質控制 (QC) 與過濾,剔除低品質數據以獲得高品質的 Clean Reads。接著,依據 miRNA 特有的長度特徵進行篩選,並將序列比對至參考基因體及 miRBase 等權威資料庫。此步驟不僅能精確鑑定樣本中已知的 miRNA、tRNA、rRNA 等類別,更能利用演算法挖掘潛在的未知 miRNA,擴展研究的探索邊界。
深度生物資訊分析,從數據看見調控機轉
獲得定序數據僅是第一步,深度的生物資訊分析才是研究的靈魂。針對在實驗組與對照組間表現量有顯著變化的差異 miRNA,我們的專業團隊將進一步預測其下游目標基因 (Target Genes)。結合 Gene Ontology (GO) 功能分類與 KEGG 代謝路徑富集分析,我們能協助研究人員繪製出完整的調控網絡圖,深入探討特定分子在相關途徑中的具體角色,將枯燥的數據轉化為具備發表價值的科學洞見。
分析流程
當 Small RNA-Seq 定序實驗完成並取得數據後,資料分析的首要步驟是針對下機的原始序列 (raw reads) 執行嚴格的品質控制與過濾,以確保獲得高品質的 clean reads。隨後,系統會依據 miRNA 的特徵長度來篩選這些片段,並將其比對至參考基因體或現有的 miRNA 資料庫中。
比對作業完成後,接續展開 small RNA 的類別註釋(涵蓋 miRNA、tRNA、rRNA、snRNA 等),並同步鑑定樣本中已知與未知的 miRNA。針對表現量有顯著變化的差異 miRNA,分析將進一步預測其標靶基因,並藉由 Gene Ontology (GO) 分類與 KEGG 路徑等功能性註釋與富集分析,深入探討這些分子在特定生物過程或疾病機制中的潛在角色。

比對作業完成後,接續展開 small RNA 的類別註釋(涵蓋 miRNA、tRNA、rRNA、snRNA 等),並同步鑑定樣本中已知與未知的 miRNA。針對表現量有顯著變化的差異 miRNA,分析將進一步預測其標靶基因,並藉由 Gene Ontology (GO) 分類與 KEGG 路徑等功能性註釋與富集分析,深入探討這些分子在特定生物過程或疾病機制中的潛在角色。

樣品需求
1. RNA 總量:
Total RNA
1. Illumina 平台定序:≧ 4 μg
2. RNA 濃度:≧ 50 ng/ μl
3. 樣品體積:≧ 40 μl
Exosome RNA
1. Illumina 平台定序:≧ 40 ng
2. 樣品體積:≧ 15 μl
3. Peak between 25-200 nt, FU> 10, no peak > 2000 nt
2. 樣品純度及片段完整性:
OD260/OD280:1.8 ~ 2.0
OD260/OD230:≧ 2.0
RIN 值:≧ 7.5 (動物樣本);≧ 7.0 (真菌或植物樣本)
建議先行以電泳膠圖確認片段大小及RNA完整度,並於送件時提供膠圖結果
Total RNA
1. Illumina 平台定序:≧ 4 μg
2. RNA 濃度:≧ 50 ng/ μl
3. 樣品體積:≧ 40 μl
Exosome RNA
1. Illumina 平台定序:≧ 40 ng
2. 樣品體積:≧ 15 μl
3. Peak between 25-200 nt, FU> 10, no peak > 2000 nt
2. 樣品純度及片段完整性:
OD260/OD280:1.8 ~ 2.0
OD260/OD230:≧ 2.0
RIN 值:≧ 7.5 (動物樣本);≧ 7.0 (真菌或植物樣本)
建議先行以電泳膠圖確認片段大小及RNA完整度,並於送件時提供膠圖結果
定序規格
NovaSeq, single-end 50 bp
