樣品處理
樣品製備是任何實驗的第一步驟。製備不充分會造成可變且不准確的結果。MS 分析對於樣品的要求甚高。例如鹽、緩衝液、去污劑、藥物等干擾物，可能會影響靈敏度、特異性、儀器正常運行時間或提高電離效率的能力。無效的樣品製備會影響結果的質量和重現性。我們的操作人員皆擁有超過十年以上的質譜儀操作經驗以及各式生物樣品處理的經驗(e.g.,cell/tissue extracts, serum/plasma, urine, saliva)，為各種樣本與分析需求的打造適合MS分析的蛋白質萃取、水解方案。
注意事項
樣本若含血清(如FBS)，血清中蛋白(如albumin)將會影響到LC-MS/MS結果，高豐度蛋白將影響低豐度蛋白的鑑定，鑑定的蛋白數目也隨之較少，我們高度建議送樣前進行血清的移除，或改採用無血清培養基，才能降低血清影響的風險。
服務內容
樣本製備項目包含：
| 服務名稱 | 服務說明 |
|---|---|
| 蛋白質萃取服務-培養細胞團塊 (Cell pellet) | 以特定的細胞裂解液(lysis buffer)進行蛋白純化，以減少因樣本中的成分干擾上樣的結果，同時減少蛋白decay的風險 |
| 蛋白質萃取服務-組織 (Tissue) | 根據樣本的狀態會透過不同的處理方式，將蛋白質從樣本中萃取純化，再進行水解處理與上樣分析 |
| 分泌囊泡蛋白質水解服務- (Exosome digestion) | exosome樣本會經過SDS裂解與跑膠純化，再以in-gel digestion的方式水解處理後進行上樣 |
| 分泌囊泡蛋白質水解服務- (Exosome shaving) | exosome樣本經過shaving，將surface protein分離水解後再上樣分析 |
| 蛋白質一維電泳 (1DE-Coomassie blue) | 以一維電泳及Coomassie blue染色初步分離樣本，可選取區域進行後續上樣分析 |
| 蛋白質一維電泳 (1DE-Silver stain) | 以一維電泳及Silver stain染色初步分離樣本，可選取區域進行後續上樣分析 |
| 蛋白質二維電泳 (2DE-Coomassie blue) | 以分子量及等電點差異分離蛋白質樣本並以Coomassie blue染色，可選取區域進行後續MS/MS或影像分析 |
| 蛋白質二維電泳 (2DE-Silver stain) | 以分子量及等電點差異分離蛋白質樣本並以Silver stain染色，可選取區域進行後續MS/MS或影像分析 |
| 蛋白質溶液濃縮/鹽類去除 (Concentrate/Desalt-S) | 利用3kDa filter進行蛋白質濃縮與去鹽步驟，以減少樣本中的鹽類干擾訊號，適用於處理<1mL體積的樣本 |
| 蛋白質溶液濃縮/鹽類去除 (Concentrate/Desalt-L) | 利用3kDa filter進行蛋白質濃縮與去鹽步驟，以減少樣本中的鹽類干擾訊號，適用於處理>1ml <50ml體積的樣本 |
| 血液內高豐度蛋白去除 (Top-14 depletion) | 將血液以column將含有TOP14豐冨的蛋白進行去除，以減少高豐富的蛋白訊號遮蔽其他蛋白的訊號的風險 |
| 蛋白質溶液濃度測量 (Protein BCA assay) | 除純化(如IP/Biotin)樣品外，客戶未提供溶液樣品濃度者需進行BCA蛋白濃度檢測。 |
| 奈米粒子分析 (Nanoparticle tracking analysis) | 使用NTA測奈米顆粒大小和濃度，達顆粒濃度標準可進行後續MS/MS分析 |
| 奈米流式細胞儀分析 (Nano-Flow Cytometry analysis) | 使用Nano Flow Cytometry測奈米顆粒大小和濃度及表徵分析，達顆粒濃度標準可進行後續MS/MS分析 |
| 蛋白質樣品萃取與水解-客製化 (Customization) | 根據樣本提供客製化處理方式，歡迎事先聯絡詢問 |
