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有了基因體、蛋白質體資訊可尋找突變基因和即時觀察各種蛋白質的表現,讓研究人員更能掌握生物體的運作及更有效地找出各種病原與異常。但最後一道關卡長期以來難以突破,就是:發現問題之後該怎麼辦?過去面對基因突變,頂多只能用 RNA 干擾嘗試抑制基因表現,但既無法確保所有細胞的突變基因都被抑制,也無法改善基因突變...
抗生素的大量使用,導致耐藥性菌株大規模增加,土壤、水體、人體、動植物等環境,都有大量新的抗藥菌株和耐藥基因被發現。對這些耐藥菌株和基因進行監測,分析耐藥基因動態,對於解析耐藥基因產生機制、防治抗藥菌株氾濫有著重要的意義。這其中最核心的內容就是耐藥基因資料庫,一個完備、精確、更新及時的資料庫,是耐...
1995 年 11 月,美國微軟創辦人比爾・蓋茲發表新書 The Road Ahead (中文譯為《擁抱未來》),準確預測下一個資訊世代將會是電腦無縫接軌 (seamless computing) 的時代,任何資訊都可隨時隨地以各種不同的裝置即時取得,而電腦也將從單點運作化為二維網絡,甚至可結合現實生活的人、事、物達到3D資訊結構。事實證明,比爾・...
原創文章 引用請註明出處 『糞菌移植』(FMT, Fecal Microbiota Transplantation)的治療方法近年在臨床上備受關注和熱議,目的是利用健康人大便中約1000餘種的細菌移植給患者,利用這些細菌重新建立患者腸道內失調的微生物生態。 FMT受到全世界廣泛的關注後,臨床研究也逐漸增多,如:治療困難梭狀桿菌感染(...
海洋不僅是人類的精神寄託之處,更是孕育生命的搖籃。40億年前,生命誕生於此,經歷漫長的進化,才有了今天這多姿多彩的世界。 海洋中關於生命存在有許多未知之處,人類對於它的好奇和探索從未停止。 今天我們來看一下關於海洋微生物的最新研究。 塔拉海洋項目,一個由40個國家組成的國際研究團隊,在2009...
放眼望去,16S研究成果仍舊以腸道、水體、土壤為三大主力軍,其中腸道微生物多與病理研究相結合,而土壤微生物研究則與土質、不同植物的根系微生物相關聯進行研究,其他樣本類型還涉及淤泥、組織、空氣、發酵物等各領域。 案例解析 案例一. 腸道微生物可以影響宿主表型(Nature, 10.1038/nature14139) ...
Meta - 最早源於電腦科學,是指通過特殊的控制,將一系列動作簡便化進行批次處理的程序。生物學上也有一系列的Meta應用,以獲得宏觀結果為目的,對大量個體研究數據進行統計分析及整合。近年來關於各種 Meta 的研究變得炙手可熱,讓我們來介紹一下吧~ Metadata- 樣品採集時需要蒐集的數據 樣品採集是進行後續...
眾所皆知,青黴素在二戰時期拯救了無數人的生命,也讓發現者弗萊明(Alexander Fleming,1881-1955)獲得了諾貝爾醫學獎。若當年,弗萊明把無意間混入青黴素的培養皿當做垃圾丟掉,那麼人類將可能失去這個醫療上的偉大發現! 在高通量定序領域中,由於技術侷限,宏基因組(Metagenome)定序中的unmapping reads往...
研究微生物多樣性時,常會使用一種稱為“進化分支圖”的方式來呈現,這是在16S研究中常見的分析表現形式。 LEfSe (Linear discriminant analysis (LDA) Effect Size) 是一種用於發現高維生物標記和篩選基因組特徵的分析演算法,能夠在組與組之間尋找統計上具顯著差異的生物標識(Biomarker),即組間在豐度...
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