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原創文章 引用請註明出處 10x Genomics簡介 最近小編常在開玩笑10x Genomics的操作平台看起來就像是一台CD player，然而近年來10x Genomics ChromiumTM儼然成為在單細胞RNA定序上最炙手可熱的平台，短短兩年內，用該平台研究單細胞轉錄體已發表8篇高影響因子的文章，平均影響因子為23.9，其中包含了2篇Cell跟1篇...
原創文章 引用請註明出處 有一句話說：「老化從腸道開始」，點明了腸道對於健康生理機能的維持之重要性，今年四月發布在Nature的一則新聞中提到的一個有趣研究，則是從腸道菌的角度進一步佐證這個觀點。該項研究以鏘魚(killifish)做為模式動物，觀察牠們的腸道菌對個體老化的影響。結果相當地有趣：研究人員發...
原創文章 引用請註明出處 在介紹標題中提到的兩種概念類似的分析圖之前，小編先簡單介紹一種熱門的微生物體分析工具：PICRUSt。它的全名是”Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States”，中文的意思就是”隱性狀態重建群落進化分析”。更白話一...
原創文章 引用請註明出處 相關性分析（correlation analysis）是研究隨機變量相關性的一種統計方法，用於研究現象之間是否存在某種依存關係，並對具有依存關係的現象探討其相關方向以及相關程度。這次小編就來為大家詳細介紹論文中常見的『優勢物種相關係數分析』及『物種關聯網絡分析』～～ 優勢物種S...
原創文章 引用請註明出處 精準醫療是近年來最熱門的話題，醫學界與科學界無一不投注心力在個人化醫療上，而過去研究都將重點放在人類基因體個體化差異與藥物作用上，但已有越來越多的研究指出藥物作用不僅受到基因調控的影響，也會因體內微生物的結構而有所差異[1, 2]。先前小編報導過目前已知超過60個藥物效果...
原創文章 引用請註明出處 隨著大眾對於腸道菌的認識日益漸增，不少研究學者以及專家提倡以改變腸道菌相來達到治療疾病或是調整體質的做法。俗話說得好：「民以食為天」，人類自古以來便十分重視「吃」這件事，不只要吃得飽，更要吃得好。呼應今天的主題，小編想從腸道菌的角度出發，跟大家談談如何吃得巧，養出和...
原創文章 引用請註明出處 今天小編來分享一下微生物分析中常用的Beta Diversity，其中有幾款視覺化樣本分組比較分析最為常見，我們就來一一介紹吧！ PCA分析 主成分分析（PCA, Principal Component Analysis），是一種應用方差分解，對多維數據進行降維，同時保持數據集中雙方差貢獻最大的特徵，從而有效地找出...
原創文章 引用請註明出處 研究細胞生理途徑(cellular pathways)的人有福了！無論是研究癌症相關途徑、細胞層次免疫反應，或是特定代謝途徑，隨著次世代定序技術的進步，以往耗時耗財的細胞途徑研究將有突破性的發展。在2016年陸續有頂級期刊發表Perturb-seq的運用，以單一基因和單一細胞的解析度，將複雜的細胞調...
原創文章 引用請註明出處 今天這篇是小編頭一次以專文介紹單一種的腸道細菌，這樣的特殊待遇可是其他腸道細菌還沒有的呢，所以看倌們可要擦亮眼睛，看看這隻細菌到底special在哪裡。說起Akkermansia muciniphila(以下簡稱A. muciniphila)，最親民的維基百科上可以找到牠的基本資料： (1) 絕對厭氧的革蘭氏陰性菌...
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